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Zwischen Afrika und Madagaskar gelegen, besitzt Mayotte eine große Vielfalt an Fauna und Flora. Baobabs und Tulpenbäume aus Gabun und Takamaka ziehen sich durch die feuchten und trockenen Wälder. Außerdem findet man Ylang-Ylang und prächtige Wildorchideen; auf Mayotte gibt es davon fast 50 Arten, darunter auch die Vanillepflanze. Um diese reiche Tier- und Pflanzenwelt zu entdecken, führt ein 100 km langer Wanderweg um die Insel und ermöglicht es Besuchern, die eindrucksvollen Ausblicke zu bestaunen, eine reizvolle geologische Geschichte zu entdecken, in die Natur von Mahori einzutauchen und mit den Einheimischen in Kontakt zu kommen. Einer der größten Vorzüge Mayottes ist das Korallenriff, das an eine der größten geschlossenen Lagunen der Erde grenzt.
Das Tauchen auf Mayotte bietet eine unglaubliche Fülle an Korallen in allen Formen und eine große Mischung tropischer Fische in einer enormen Lagune mit sicherem Wasser. Eine weitere Besonderheit dieser Lagune ist ein doppeltes Barriere-Riff: eines liegt 3 bis 15 km von der Küste entfernt, verläuft rund um die Insel und ist von einigen Passagen unterbrochen. Es gibt auch Tauchplätze im tiefen Wasser für erfahrene Taucher. Diese Tauchplätze haben eine Tiefe von mehr als 200 Fuß und erreichen stellenweise etwa 300 Fuß. In der Nähe gibt es weitere Inseln und Spots, darunter die bekannten Bambo und Chaozil.