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Situada entre África y Madagascar, Mayotte cuenta con una gran variedad de fauna y flora. Baobabs y árboles del tulipán, de Gabón y Takamaka, se extienden por los bosques húmedos y secos. También se pueden encontrar ylang-ylang y magníficas orquídeas silvestres, de las que existen cerca de 50 especies, incluida la planta de vainilla, en Mayotte. Para descubrir esta rica vida salvaje, un sendero de 100 km rodea la isla y permite a los turistas admirar las impresionantes vistas, descubrir una encantadora historia geológica, sumergirse en la naturaleza mahorese y mezclarse con la población local. Uno de los mayores atractivos de Mayotte es su arrecife de coral, que bordea una de las lagunas cerradas más grandes del mundo.
El buceo en Mayotte ofrece una increíble abundancia de corales de todas las formas y una amplia mezcla de peces tropicales en una enorme laguna con aguas seguras. Otra singularidad de esta laguna es contar con un arrecife de doble barrera: uno alejado de la costa, a 3 a 15 km, que rodea la isla de forma continua y está cortado por algunos pasos. También hay sitios de buceo en aguas profundas disponibles para buceadores experimentados. Estos sitios tienen profundidades de más de 200 pies y, en algunos puntos, alcanzan unos 300 pies. Hay otras islas y lugares cercanos, entre ellos los conocidos Bambo y Chaozil.